Случайная встреча с матросом заронила в душу будущего писателя мечту о море (этому посвящен рассказ «Судьба», 1920), которая осуществилась в 1899, когда призванный на военную службу юноша вызвался идти добровольцем на флот (служба в ВМФ - 7 лет, была больше, чем в армии). Служил на Балтийском флоте матросом в 16-ом флотском экипаже.
В 1900 г. Новиков попал в Кронштадт. Упорно занимался самообразованием, посещал воскресную школу, где воодушевился революционными идеями. Хотя его первые пробы пера относятся к детскому возрасту (рассказ «Живой мертвец», где сплетены социально-критические, библейские и толстовские мотивы), его дебют в печати состоялся в 1901 – статья без подписи «Начало занятий в воскресной школе». Позднее он вспоминал: «На литературный путь меня натолкнуло знакомство с биографиями таких писателей-самоучек, как М. Горький, А. Кольцов, Суриков, Решетников и другие».
Во время русско-японской войны попал в плен и пережил почти 9 месяцев японского плена. В плену записывал не только личные впечатления, но и рассказы матросов с других кораблей; печатал заметки в журнале для военнопленных «Япония и Россия».
В 1906-1907 Новиков-Прибой выпустил две небольших книжки («За чужие грехи» и «Безумцы и бесплодные жертвы») о Цусимском сражении под псевдонимом «Матрос А. Затертый». Обе книжки были немедленно конфискованы, поскольку обвиняли высшие флотские чины (в том числе царственных особ) в Цусимском поражении.
В 1912-1913 по приглашению Горького жил на Капри; публиковал рассказы об унижающих человека условиях флотской службы («Словесность», «Порченый», 1912); «Пошутили», 1913) и моряцкой повседневности («В запас», 1914), о доброте матросов («Попался», «Подарок», 1914), их тяге к знаниям («Рассказ боцманмата», 1914), о судьбах людей, искалеченных войной («Лишний», 1913; «Живая история», 1914). Большинство этих произведений вошли в книгу «Морские рассказы» (книга была изъята в наборе в 1914, издана в 1917).
14 февраля 1939 г. Алексей Силыч награжден Орденом Трудового Красного знамени.